Bowl Championship Series (1998-2013)
V roce 1998 se ustanovil nový systém tzv. Bowl Championship Series (BCS). Po skončení regulérní sezóny bylo vybráno 8 týmů, které hrály 4 hlavní bowl games (Rose bowl, Orange bowl, Sugar bowl a Fiesta bowl). V tomto výběru, který mohl hrát tyto 4 hlavní bowly, byli šampióni 6 hlavních konferencí (ACC, BigEast /která později zanikla/, Big Ten, Big 12, PAC10 /která se později přejmenovala na PAC 12/ a SEC) a dva takzvaně „at-large“ výběry, které vzešly ze složitého výběru (počítačových odhadů, lidských odhadů, SOS, SOR apod. takzvaným at-large výběrem mohly být i unverzity z tzv.“ Non automatic qualifying“ konferencí – tedy účastníci dnešní „Group of five“ skupiny. V historii se to, ale stalo jen jednou a to v roce 2005, kdy se to povedlo univerzitě Utah Utes /ještě předtím než se připojili k PAC 12/. Od roku 1998 do roku 2006 byl vždy jeden z těchto 4 bowlů zároveň i NCG (National Champioship Game). Každý rok to byl jiný bowl a střídaly se pravidelně. NCG hráli vždy první a druhý tým konečného BCS pořadí /prvním nebo druhým týmem v BCS mohl být i tým, který nebyl konferenčním vítězem a byl tzv. at large selection/. Další bowly se hrály buď podle daných konferenčních matchupů (např. Rose bowl pokud nebyl zrovna NCG tak ho vždy hráli šampióni z PAC 10/12 a Big 10). Pak nezáleželo na pořadí týmů v žebříčku. Pokud však byl v NCG tým z PAC10/12 nebo Big 10 tak pak hrál Rose bowl tým z jiné konference podle jiného klíče.
V roce 2006 byl přidán pátý zápas, který byl nazván jako BCS National Championship game (BCS NCG). Hrál se na jednom ze čtyř stadionů, na kterých se hrály zároveň i major bowl games. Hrálo se za týden po regulérním bowl game. Stadiony v pořádání „BCS NCG“ opět pravidelně střídaly. Od roku 2006 do roku 2013 se tedy na jednom stadiónu hrály dva zápasy během dvou týdnů. Nejdříve klasický bowl game a o týden později na stejném místě NCG. Toto rozhodnutí umožnilo rozšířit počet „at large bid“ týmů, které mohly hrát major bowl games. Od roku 2006 se rovněž změnila pravidla pro nasazení resp. většího zapojení vítězů tzv. Non-AQ Conferences“ (C-USA, MAC, MWC, SunBelt a WAC). Nejvýše umístěný tým v žebříčku z těchto týmů hrál automaticky v jednom z major bowlů. Pokud se vítězové ostatních konferencí umístili v top 12 finálního BCS žebříčku nebo byly do 16. místa a zároveň byly lepší než alespoň jeden z vítězů AQ konferencí (Power 5) tak mohli hrát také major bowl game. Pak se tedy v roce 2009 stalo, že proti sobě hrály dva týmy z non-AQ konferencí. Boise State Broncos (WAC) a TCU Horned Frogs (MWC) ve Fiesta bowlu. Posledním týmem z non-AQ konferencí, který hrál tento bowl games v této éře byly Northern Illinois Huskies v roce 2012 (Orange bowl). Za dva roky poté se změnil systém na College Football play-off, který se hraje dodnes.
Ačkoliv byl nový systém spravedlivější k menším školám z non-AQ konferencí, ani z daleka však nevyřešil kontroverze při výběru týmů, které byly vybírány do BCS NCG. Formule pro výběr prvních dvou týmů, které měly možnost hrát BCS NCG dával prostor k velkým kontroverzím. Kritici systému zdůrazňovali, že finální výběr založen na názorech lidí, počítačů podle určitých formulí, novinářů apod. není zcela transparentní a názory volitelů jsou hojně manipulovány pomocí médií, odborníků apod. Obecně většina velkých a slavných univerzit pochází z východu a středu USA. Je zde největší mediální trh a tak se obecně trošku více v důležitých rozhodnutích naddržuje těmto univerzitám, které mají historii peníze, fanouškovskou základnu apod.
Pokusím se uvést pár příkladů kontroverzních rozhodnutí, které ve svém konečném důsledku vedli k další změně hracího systému až k současnému play-off systému:
1) V roce 2001 byla univerzita v Oregonu na konci sezóny druhá v prestižním novinářském žebříčku agentury AP. Nakonec je však v celkovém pořadí BCS systému přeskočila univerzita z Nebrasky i přesto, že v posledním zápase sezóny prohráli výsledkem 62-36 s Colorado Buffaloes. Oregon pak Colorado porazil ve Fiesta bowlu celkem jednoznačným výsledkem 38-16. Nebraska svůj BCS NCG prohrála s Miami Hurricanes. Spousta fanoušků Oregonu dodnes tuto křivdu těžce nese.
2) V roce 2003 nastala situace, kdy se titul rozdělil mezi univerzity LSU (vítěz BCS NCG) a USC, kteří skončili v konečném pořadí BCS (před Bowl games) na třetím místě a museli hrát „jen“ Rose Bowl. V tom porazili Michigan a v konečném pořadí agentury AP přeskočili všechny a skončili na 1. místě. V žebříčku, který sestavují trenéři (coaching poll), dostali USC Trojans 3 první místa, i když to bylo v rozporu s nepsaným pravidlem a dohodou mezi trenéry a BCS, že trenéři budou na první místo volit vždy vítěze BCS NCG. Systém BCS měl být nastaven tak, aby se právě zamezilo případům, kdy by se musel titul dělit mezi dvě univerzity. Protože nebyla jednoznačná shoda volitelů na prvním místě (kterým tedy v daném systému mělo být LSU) titul se dělil.
3) V následující sezóně nebyla vybrána do BCS NCG ani jedna univerzita, která byla v sezóně neporažena (Auburn, Boise State a Utah).
4) V roce 2008 se to Utahu stalo podruhé, když byli dokonce jako jediní bez prohry a skončili v hlasování agentury AP za Floridou Gators.
5) V roce 2009 bylo celkem 5 týmů, které skončili v sezóně neporažené (Alabama, Texas, Cincinnati, TCU, a Boise State). Přesto BCS formula neomylně vybrala do finále Alabamu a Texas.
6) V roce 2010 byli TCU opět opomenuti při výběru a přeskočeni Auburnem a Oregonem, když měly všechny tři týmy sezónu bez porážky. Zcela nepokrytým důvodem byla neúčast TCU v major konferenci (tehdy hrávali MWC než v dalších letech přešli do silnější Big 12). Nestačilo ani to, že ve většině sledovaných týmových statistických ukazatelích fáze hry (obrana, útok, special týmy) byly v rámci všech univrezit před Auburnem a Oregonem. Nepomohlo ani to, že dokázali neporaženou sezónu zopakovat dvakrát po sobě – což nění vůbec jednoduché v sebelehčí konferenci. Korunu tomu všemu nasadil president univerzity Ohio State Buckeyes pan Gee, který řekl, že týmy, které hrají proti „malým uplakaným holkám“ z non-AQ konferencí místo proti „vrahounům“ z Power 5 konferencí, si nezaslouží být v úvahách o BCS NCG. Nakonec se tento starý bílý muž (aka pablb) z prehistorie musel veřejně omluvit potom co TCU porazilo v Rose bowlu Wisconsin, který OSU v sezóně porazil a připravil je tak o titul v konferenci Big10. Celá tato historka tak nějak podtrhuje a vysvětluje tu nemotornost a neochotu vedení BCS a těch, kteří ovlivňují dění, cokoliv na systému změnit. Systém, který vyhovuje silným a vlivným je dobrý systém.
V těchto letech byly univerzity Boise State Broncos, TCU Horned Frogs a Utah Utes jasnými otloukánky. Všichni měli smůlu, že nehráli v Power 5 konferencích.
V průběhu celého trvání systému BCS se ozývaly hlasy, které volaly po zavedení play-off nebo turnajového systému. Stejně tak jako je to běžně na úrovní FCS, Divize II a III. Turnajový nebo play-off systém je zcela běžný, prověřený a vyzkoušený v ostatních univerzitních soutěžích. V roce 2009 kompetentní výbor BCS zamítl návrh konference MWC (ano té, která byla v té době velkým otloukánkem) na zavedení 8 členého pavouka. Ještě pár let pohlaváři odolávali sílícímu tlaku okolí, než byli nuceni ustoupit (ale jen o jeden krok doboku) a zavedli 4 členné play-off, které se hraje dodnes ale už s jiným očtem účastníků a bude popsáno v další kapitole.
Skandály z éry BCS.
V roce 2009 organizace NCAA rozhodla, že bývalý RB univerzity USC Reggie Bush byl v roce 2004 nezpůsobilý účastnit se v BCS NCG za to, že jeho rodina obdržela některé nelegální výhody a benefity od sportovního agenta. V květnu 2011 byly zamítnuty všechny odvolání USC proti restrikcím, které NCAA Trojanům udělila. V červnu 2011 se tedy definitvně stala univerzita USC první v historii, která zpětně přišla o titul národního šampióna. Zároveň byla zpětně zrušena jejich účast v Rose Bowlu 2006, který stejně prohrály s Texas Longhorns. Trojans dále přišly o možnost účastnit se bowl games v letech 2010 a 2011, přestože by byli pro účast způsobilý. Dále byli potrestání odebrání celkem 30 stipendiíí, které mohly udělit rekrutům během tří let – což významně omezilo sílu této univerzity mezi lety 2009 až 2011. V tomto období Trojans přepouští dominanci v PAC10/12 univerzitám z Oregonu a Stanfordu. Reggie Bush rovněž dobrovolně vrátil Heismanovu trofej, kterou vyhrál v roce 2005. V tomto období bylo k podobným krokům za podobné přestupky sáhnuto víckrát, ale nikdy ne tak tvrdě jako v případě Trojans.