První univerzitní zápas vůbec se hrál už v roce 1869 mezi college of New Jersey (dnešní Princeton) a univerzitou Rutgers. Hrálo se na hřišti univerzity Rutgers a hrálo se podle jejich pravidel. S dnešním pojetím AF to však mělo málo společného. Hrálo se s kulatým míčem na dva poločasy po 45 minutách. Do míče se kopalo a hody nebo běhy s míčem nebyly povoleny. Zápas proti sobě hrálo 25 hráčů na každé straně. První tým, který dosáhl 6 branek, byl vyhlášen vítězem. Rutgers vyhráli 6:4. O týden později se hrála odveta na hřišti Princetonu podle jejich pravidel. Princeton vyhrál 8:0.
V dalších letech se přidávaly další univerzity jako Columbia, Yale, Harvard apod. V roce 1873 se zástupci těchto univerzit sešly, aby stanovili jednotná pravidla. Počet hráčů se snížil na 20. Způsob skórování a délka poločasu zůstaly. Pravidla se stále řídila spíše soccerem než pravidly ragbyovými. Harvardská univerzita s tímto kodexem nesouhlasila a dál hrála podle svých vlastních pravidel, ve kterých se projevovalo více prvků rugby. V letech 1874 a 1875 sehrál Harvard zápasy s univerzitami McGill (Kanada) a Tuft, kde již bylo povoleno míč házet a nosit v rukách, bylo povoleno i tacklování a zápas se hrál v 15 lidech na každé straně, i když počet hráčů nebyl omezen. V roce 1875 v zápasech proti univerzitě Tufts byl už počet hráčů 11 na každé straně a tacklování hráče s míčem zastavovalo hru – což v podstatě trvá dodnes. Zároveň se zde objevuje rugby prvek „Try“, který se později vyvinul v „Touchdown“. Nicméně ani v této době nešlo o skórování, jak ho známe nyní. V roce 1875 vyzval Harvard univerzitu Yale, aby sehráli zápas podle pravidel, na kterých se dohodli a byl to kompromis mezi rugby a soccer pravidly. Tento zápas se nazýval „The Game“ což je vlastně nejstarší rivalry game vůbec a trvá dodnes i když ne nepřerušeně. Na tomto zápase byl mezi dvěma sty diváků jistý Walter Camp, který později nastoupil na univerzitu v Yale a jako hráč se aktivně zapojoval i do standardizování pravidel. Po skončení hráčské kariéry byl dlouhé roky největším inovátorem a propagátorem úprav pravidel, které jsou víceméně známy dodnes. Walter Camp je označován jako „Father of American football“.
V listopadu 1876 se sešli zástupci univerzit Yale, Princeton, Clombia a Harvardu, aby sestavili další kodex pravidel a zároveň ustanovili tzv. IFA (Intercollegiate Football Association) což bylo vlastně předchůdce dnešní NCAA. Zástupci Yale z jednání odešli, protože nesouhlasili s navrhovaným počtem hráčů. K IFA se pak připojili až v roce 1879. Mezi největší zásluhy Waltera Campa patří zavedení „line of scrimmage“, zahájení hry podáním nebo hozením míče (snap) a zásady „down and distance“. Tyto pravidla se aplikovala v letech 1880 a 1881. Cílem bylo zrychlit hru, ale některé týmy to využívaly k přesnému opaku. V roce 1882 bylo pak zavedeno pravidlo posunu o minimálně 5 yardů na 3 downy. Dále byly za jeho působení změněny a standardizovány rozměry hřiště do dnešní podoby. V roce 1883 bylo stanoveno bodování za TD (4pts), extra point (2pts), safety (2pts) a FG (5pts). Toto bodování se v historii ještě několikrát změnilo, naposledy v roce 1988, které platí dodnes. Od roku 1887 byly na zápasy nominování dva placení rozhodčí. O dva roky později dostali rozhodčí píšťalku a stopky. Bylo povoleno tacklování pod úrovní pasu (below the waist). Walter Camp se mimo působení v pravidlových komisích osobně podílel na každoročním výběru nejlepších hráčů z celých USA – tedy sestavování all stars týmu tzv. All-American team, který se vybírá dodnes. Do roku 1924 to dělal osobně. Od roku 1925 se na této činnosti podílí Walter Camp foundation. Po Walteru Campovi je rovněž pojmenováno jedno z posezónních ocenění pro nejlepšího hráče roku (pozor neplést s Heisman trophy). K posezónním oceněním se dostaneme v samostatném článku ;-).
Období konce 19. století a začátku 20. století byla ve znamení popularizace sportu a tvorby pravidel. Prudce stoupala popularita univerzitního fotbalu a přidávaly se další a další univerzity což také zvyšovalo rivalitu a řevnivost. Surovost hry dokazuje fakt, že mezi lety 1890 až 1905 zemřelo po úrazech při fotbalových zápasech 330 hráčů. Zápas mezi Harvard–Yale v roce 1894 známý jako „Hampden Park Blood Bath“ skončil zmrzačením 4 hráčů. „The Game“ bylo na tři roky zastaveno a znovu rozehráno až v roce 1897. Ze stejných důvodů byl na čtyři roky přerušen souboj Army – Navy. Smrt fullbacka Richarda Von Albade Gammona z univerzity Georgia, při zápase s univerzitou Virginia, v roce 1897 vedla k tomu, že univerzity Georgia, Georgia Tech a Mercer přerušili jejich fotablové programy a odmítali dál hrát. Situace prý došla tak daleko, že v roce 1905, kdy zemřelo 19 hráčů, hrozil prezident USA Theodore Roosevelt zastavením všech zápasů (na což tedy neměl pravomoc, ale jako velký fanoušek fotbalu, jehož synové hráli fotbal na nižší úrovni, chtěl zastavit tohle hrozné násilí a fatální důsledky pro hráče). Nakonec inicioval schůzku mezi nejprestižnějšími univerzitami té doby (Harvard, Yale, Princeton), aby diskutovali o snaze zmírnit násilnost hry. Mezitím inicioval John H. Outland (po kterém je dnes pojmenována trofej pro nejlepší tackla ligy) experimentální zápas, kde se snížil počet her (downů) ze čtyř na tři ve snaze udělat hru bezpečnější. V průběhu roku 1905 pak inicioval prezident Roosevelt ještě další schůzku v Bílém domě, na kterou pozval zástupce 13 hlavních univerzit opět ve snaze udělat sport bezpečnější. Jelikož se však nebyly zástupci škol schopni shodnout na úpravě pravidel, bylo rozhodnuto, že bude zřízen nový nadřazený orgán, který bude dohlížet nad tvorbou a dodržováním pravidel. Nakonec tedy 28. prosince 1905, kdy se v New Yorku sešli zástupci 62 škol, došlo k založení Intercollegiate Athletic Association of the United States, která pořádala i univerzitní mistrovství v jiných sportech. Tato organizace se v roce 1910 přejmenovala na současnou NCAA (National Collegiate Athletic Association), která funguje dodnes a zaštiťuje většinu univerzitních soutěží v převážné většině všech sportů v zemi.
Toto období po zavedení IAAUS a NCAA bylo obdobím modernizace a inovace. V důsledku reforem v letech 1905 a 1906 byl do pravidel zahrnuto pravidlo o „forward pass“ a byly zakázány násilné hromadné formace (které vycházely převážně z vojenských formací), které vedly k většině smrtelných zranění behěm zápasů. První forward pass hodil Bradbury Robinson 5.9.1906 v zápase jeho Saint Louis college proti Carroll College.
Další důležité pravidlo pro dnešní podobu hry bylo přijato v roce 1910, kdy bylo vyžadováno, aby bylo na LoS v době snapu minimálně 7 útočících hráčů. Bylo zakázáno strkání, tlačení a držení protihráče čímž se minimalizovali následky kolizí způsobujících vážná zranění. V této době vznikají nové herní formace a prvky hry, které přetrvávají dodnes. Šlo o „huddle“, „pre-snap shift“ apod. Velkými inovátory v této době byly mezi trenéry Pop Warner a Knute Rockne. O těchto legendách se dozvíte něco více opět v samostatné kapitole. V roce 1907, v zápase mezi Chicagem a Illinios, poprvé v historii vyplnilo přestávku mezi poločasy vystoupení „marching band“ školní kapely. Tato tradice přetrvává dodnes.
Pokračovaly úpravy v pravidlech, které dělaly hru atrkativnější a rychlejší. Převážně se to týkalo změn pro umožnění většího množství přihrávek vzduchem (passů).
V roce 1909 se změnilo bodování FG z 5 na 3 body. V roce 1912 se zvýšil počet bodů za TD ze 4 na 6.
V roce 1914 byla poprvé hozena penalta za „Roughing the passer (RTP).
V roce 1916 se odehrál zápas s největším rozdílem ve skóre. Georgia Tech Golden Tornado v sestavě s jistým Johnem Heismanem vyhrály v zápase s univerzitou Cumberland poměrem 222:0.
V roce 1918 bylo povoleno zachytit míč útočníkem kdekoliv na hřišti. Do té doby bylo povoleno zachycení jen ve vymezených zónách na hřišti. Měnil se rovněž systém bodování za skórování.
V těchto časech hrávali tuto hru skvělý hráči jako Jim Thorpe, Red Grange a Bronko Nagurski. Tito tři hráči následně přešli do NFL a výraznou měrou jí pomohli zpopularizovat. Dnes jsou po nich rovněž pojmenovány posezónní ocenění.
8.října 1921 byl univerzitní zápas mezi univerzitami West Virginia a Pittsburgh poprvé vysílán živě v lokální radiostanici.
28.října 1922 byl univerzitní zápas mezi univerzitami Princeton a Chicago poprvé vysílán rádiem celonárodně.
V tomto období se také začínají hrát tzv bowl games. Jako úplně první se hrál Rose Bowl. Stalo se tak 2.1.1902 a Rose Bowl je tak dnes nejstarším pohárovým zápasem a přezdívá se mu „Grand Daddy of them all“. O historii Rose bowlu a dalších bowl games se dozvíte něco více na konci roku před bowl games.