Od roku 1958 se začíná datovat moderní doba univerzitního fotbalu.
Po velkém úspěchu SB I prudce vzrůstá celonárodní obliba NFL zatímco univerzitní fotbal zůstává spíš regionální záležitostí, i když také těží z rozvoje televizních přenosů. V roce 1952 získala organizace NCAA výhradní vysílací práva na všechny utkání svých sportovních sekcí a začala vyjednávat s televizními stanicemi. Tato situace pak trvala až do roku 1984, kdy se několik škol pustilo do sporu s NCAA a vyjednali, že mohli s televizními stanicemi vyjednávat své vlastní podmínky a smlouvy. V 50. letech se rozhodla univerzita v Notre Dame, která se těšila celonárodní popularitě, založit svůj vlastní televizní kanál. Mohla si to dovolit vzhledem ke svému statusu nezávislé univerzity. Prvním televizním utkáním, ve kterém bylo možné využít služeb videa tzv. instant replay, byl 7.12.1963 zápas Army vs Navy. Televizní stanice ABCsports začala vysílat „national Game of the Week“ v roce 1966. Tím začala celonárodně přenášet důležité zápasy a derby divákům v celých USA.
V rámci úprav pravidel, které už nebyly tak časté v předchozích obdobích, bylo zavedeno jedno pravidlo, které přetrvává dodnes. V roce 1958 bylo zavedeno pravidlo o konverzi TD za 2 body tzv. 2-point conversion. Toto pravidlo mělo za cíl zatraktivnit hru a zvýšit bodové skóre. V prvním roce po zavedení pravdila byla tato herní varianta použita v 51.4% všech zahrávaných pokusů o potvrzení TD.
Popularizace a rozvoj hry také nutili trenéry, aby inovovali herní systémy a získali výhodu nad soupeřem. Trenér Emory Bellard, který byl asistentem hlavního trenéra Darella Royala na univerzitě v Texasu (Longhorns), vyvinul herní systém, který využíval formaci s třemi running backy v backfieldu respektive dvěma RBs a jedním FullBackem. Tato formace se pojmenovala jako „Wishbone“. V této herní variantě vše záleželo na quaterbackovi, který si po rozehrání na poslední chvíli rozhodl, na kterého ze svých RBs balón hodí. Tento herní styl se u některých univerzit používá dodnes. Speciálně u univerzity Army Black Knights, kteří nehrají téměř nic jiného.
Coach Royal pak následně tento typ ofenzívy učil i další trenéry. Své zkušenosti předal takovým legendám, jako byly Bear Bryant v Alabamě, Chuck Fairbanks v Oklahomě a Pepper Rodgers na UCLA. Ti pak tento systém přijali za svý a dále ho rozvíjeli a upravovali prodle svých představ.
Pravým opakem této heavy run offense byl systém „Spread offense“, který se vyvíjel profesionálními a univerzitními trenéry v průběhu 60-tých a 70-tých let. Základy spread offense byly sice dány už v 30-tých letech 19. století, kdy jej poprvé použil středoškolský trenér Rusty Russell, když trénoval tým sirotků na střední škole Forth Worths Masonic Home and school určené pro osiřelé chalpce. Jeho tým byl často přehrávaán fyzicky silnějšímiprotihráči, tak se trenér rozhodl roztáhnout hřiště do šířky a délky a tím získat konkurenční výhodu. Tyto skutky byly předlohou pro knihu autora Jima Denta, který jí pojmenoval „Twelve Mighty Orphans: The Inspiring True Story of the Mighty Mites Who Ruled Texas Football“
Do univerzitního fotbalu však byla tato offense implementována až o dvacet let později. Zasloužila se o to hlavně kniha, kterou napsala trenérská legenda univerzity TCU Leo“Dutch“ Meyer v roce 1952. Meyer se zde inspiroval spoluprací se skvělými QB minulosti (již jednou zmiňovaný Sammy Baugh a Dave O`Brien, po kterém je dnes pojmenována cena pro nejlepšího QB univerzitní ligy. Spread offense se pak v dalších letech až do dneška dále rozvíjela a variovala. I když se dá spread offense hrát i běhově byla a je přeci jen víc využívána pro hru passovou. První větší evoluce spread offense přišla v roce 1956, kdy trenér univerzity Northern Illinois Huskies Howard Fletcher převzal zásady sepsané Meyerem a poprvé použil pro tento typ ofenzívy tzv.Shotgun formation čímž vznikla tzv. Shotgun Spread. Pod Fletcherovým vedením a s využítím tohoto typu ofenzívy získal jeho tehdejší QB George Bork pozici hráče s nejvíce naházenými yardy a celkovým počtem získaných ofenzivních yardů. Bork se stal v roce 1963 prvním hráčem, který v sezóně naházel víc jak 3000 yardů.
Mnohem většího rozvoje a užití se však spread offense dočkala až později. Inovativní prvky většinou vycházely od středoškolských trenérů, jako byly Jack Neumeier, Glenn Ellison, v pozdějších dobách třeba i Mike Leach, současný coach Mississippi State Bulldogs a předešlý trenér Texas Tech Red Raiders a Washington State Cougars, který je velkým propagátorem odnože spread offense, které se říká Air Raid. V tomto systému neexisuje téměř běhová hra, ale QB je schopen mít 70 passových pokusů za zápas.
Spread offense se postupně adaptovala na všechny stupně fotbalu od středních škol až po NFL. S rozšířením popularity a počtu posezónních pohárových zápasů (Bowl games) bylo čím dál složitější určit férovým způsobem jednoznačného šampióna. Nově vznikající i ty již existující pohárové zápasy měly předem nasmlouvané vazby mezi konferenci a tak možnost férového určení nejlepšího univerzitního týmu na základě kvality bylo čím dál složitější a obtížnější. Samozřejmě se vzrůstající popularitou sportu vzrůstaly i zákulisní hry a vlivy, které mohly a měly ovlivit názor těch, kteří měli rozhodovací pravomoci.
Prvním velkým skandálem v historii NCAA byl v roce 1966 zápas mezi No.1 Notre Dame a No. 2 Michigan State, který skončil remízou 10:10. MSU měli před zápasem bilanci 9-0. ND měli bilanci 8-0. Trenér Fighting Irish Ara Parseghian se rozhodl nechat vypršet čas, který měl do konce zápasu, přestože se 1:10 před koncem dostali na míč a mohli zápas rozhodnout. Spousta fanoušků obou týmů i odborníci pak nemohli dlouho Parseghianovi přijít na jméno a měli ho za “sraba“. Toto jeho rozhodnutí bylo zřejmě kalkulací, protože za předpokladu, že zápas skončí remízou a následující týden porazi USC, což se skutečně stalo (ND vyhráli 51:0) budou ND stále v žebříčcích před MSU. Oba týmy byly 9-0-1 a vzhledem k tomu, že MSU se stalo obětí pravidel, kdy nemohli hrát jako šampióni Big Ten dva roky po sobě Rose Bowl nebo jakýkoliv jiný bowl game, čímž jim chyběl rozdílový zápas, kterým by se dostali v žebříčcích před ND. Notre Dame se tak stal vítězem ligy na základě vítězství ve větším počtu žebříčků. Oba týmy se dostali i před Alabamu, která jako obhajující šampión skončila sezónu s bilancí 11-0. Těchto kontroverzí pak bylo později více.
V roce 1992 vytvořilo sedm konferencí a nezávislá univerzita Notre Dame tzv. Bowl Coalition, která se snažila zorganizovat první finálový zápas mezi dvěma nejlepšími týmy určených na základě hlasování agentury AP. Tato koalice trvala tři roky a během té doby bylo mnoho problémů se sestavováním porovnatelných rozvrhů mužstev, které by férově na konci určovaly opravdu dva nejlepší týmy. Problém byl především v bowl games, které jako jediné skutečně mohly porovnat sílu týmů mezi konferencemi. Bohužel historické a smluvní vazby neumožňovaly porovnávat mezi sebou všechny konference. Například vzhledem k těmto vazbám nebylo prakticky možné, aby se mezi sebou mohly utkat mužstva z konferencí Big Eight a SEC, protože byly smluvně vázány v jiných bowlech. Dalším problémem bylo, že tato koalice neobsahovala Rose bowl, který je nejstarším a možná nejprestižnějším pohárovým utkáním vůbec. V tomto poháru se mezi sebou utkávají konference PAC10/12 a Big Ten. Jelikož šampióni hráli mezi sebou o pohár růží, nemohly se utkat s jinými týmy a pořadí, do kterého se tento zápas nezapočítaval tak bylo méně objektivní. V roce 1995 byla Bowl Coalition nahrazena uskupením Bowl Aliance, která redukovala počet bowlů, které mohly hostit NCG na tři (Fiesta bowl, Orange bowl a Sugar bowl) a počet konferencí, které se těchto zápasů mohlo účastnit na 5 (ACC, SEC, Southwest, Big Eight a Big East). Konference mezi sebou souhlasily s tím, že týmy na prvním a druhém místě konečného hlasování ustoupí od svých závazků v jednotlivých pohárech (bowl games) a bude jim garantována účast v NCG a tento zápas bude hrán jako jeden z těch tří major bowlů a hostitelé tohoto NCG se budu v pořádání NCG střídat. Tento systém však pořád nepočítal s vítězy konferencí PAC 10 a Big Ten a tím pádem stále postrádal potřebnou legitimitu v celonárodním vnímání. Přesto nakonec došlo aspoň k dohodě, že pokud vítěz Rose Bowlu bude mít stejný počet vítězství jako vítěz NCG bude vyhlášen dělený titul. Toto se nakonec stalo v roce 1997, kdy Michigan Wolverines vyhráli jako šampióni Big Ten Rose Bowl a dělili titul s Nebraskou Cornhuskers, kteří vyhráli Orange bowl, který byl v tom roce, pořadatelem NCG. Od další sezóny vešel v platnost nový systém BCS.